Installer R sous Linux (Ubuntu)

Comment installer et utiliser R

R est un logiciel libre de traitement des données et d'analyse statistiques mettant en œuvre le langage de programmation S. C'est un projet GNU fondé sur l'environnement développé dans les laboratoires Bell par John Chambers et ses collègues. Depuis plusieurs années, deux nouvelles versions apparaissent au printemps et à l'automne. Il dispose de nombreuses fonctions graphiques.

Voici comment l'installer sous Ubuntu et commencer à l'utiliser.

Installation

Par défaut, le dépôt n'existe pas, il faut donc l'ajouter.

Ajouter la clef du nouveau dépôt CRAN :

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

puis ajouter le dépôt (Cosmic) :

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu cosmic-cran35/'

ou (Bionic) :

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'

Vous pouvez alors rafraîchir la liste les applications :

sudo apt-get update

qui prendra en compte les nouveaux dépôts.

Pour installer R :

sudo apt-get install r-base

Et pour les utilisateurs qui auront besoin de compiler des paquets depuis les sources ou installer des paquets avec install.packages(), installer r-base-dev :

sudo apt-get install r-base-dev

Usage

Console interactive

La console interactive se lance simplement avec :

# R

En ligne de commande, avec un tube (pipe)

Tout comme la commande bc, il est possible de passer des commandes directement à R grâce à un tube (pipe). Par exemple :

# echo 'print("Hello World!")' | R --no-save --slave
[1] "Hello World!"

--no-save indique qu'il ne faut pas sauver la session après exécution et --slave masque les informations de version pour n'afficher que le résultat sans fioritures.

Les options possibles sont :

  • --save : sauve l'espace de travail à la fin de la session.

  • --no-environ : ne pas lire les fichiers de site et d'utiliateur.

  • --no-site-file : ne pas lire le fichier de configuration R du site.

  • --no-init-file : ne pas lire le fichier de profil R de l'utilisateur.

  • --restore : ne pas restaurer les objets précédemment sauvegardés.

  • --vanilla : combine --no-save, --no-restore, --no-site-file, --no-init-file et --no-environ.

À partir d'un script

Vous pouvez aussi préparer toutes les commandes dans un script sous forme :

#!/usr/bin/Rscript
print("Hello World!")

puis enregistrer, donner les droits d'exécution au fichier :

chmod +x mon_script.R

et exécuter le fichier comme n'importe quel script programme exécutable habituel.

Passer des paramètres au script Rscript

Pour passer des paramètres à un script R exécutable, il faut activer la récupération des paramètres :

#!/usr/bin/Rscript
# Récupération des paramètres
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
# affichage des paramètres
print(args)
…

puis appeler le script suivi de ses paramètres dans l'ordre :

./script.R param1 param2…

Il ne reste plus qu'à récupérer les paramètres un par un dans le code même du script :

param1 <- args[1]
param2 <- args[2]
…
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